Alguns contaminants primaris reaccionen a l’atmosfera amb el vapor d’aigua o amb la radiació lluminosa provinent del sol generant noves substàncies contaminants que anomenem “secundàries”.

Els dos principals contaminants secundaris són:

• L’ozó troposfèric. El mateix gas (O3) que a l’estratosfera fa de filtre a les radiacions ultraviolades es converteix a la troposfera en un contaminant molt agressiu pel seu caràcter oxidant, que afecta les mucoses i les vies respiratòries. La seva formació és el resultat de la interacció de gasos típics d’ambients urbans – especialment els òxids de nitrogen – amb la radiació solar. Per això les concentracions més elevades d’ozó troposfèric es donen a les ciutats en les hores punta de circulació de vehicles que coincideixen amb moments de molta llum. L’ozó, conjuntament amb els gasos contaminants primaris, contribueix a enterbolir l’atmosfera i a crear la boirina que coneixem com a smog, característica de les grans urbs.

• La pluja àcida. Alguns gasos com ara els diòxids de sofre, nitrogen i carboni es combinen amb el vapor d’aigua de l’atmosfera i generen precipitacions de pH anòmalament baix. Aquesta pluja és altament corrosiva i ataca tant els éssers vius com determinades estructures fetes per l’home, especialment les metàl•liques. Episodis puntuals però molt agressius de pluja àcida es produeixen al voltant d’instal•lacions com ara centrals tèrmiques i indústries siderúrgiques i metal•lúrgiques